На 14 август 1961 година Светиот Синод на Руската Православна Црква го одредила јеромонахот Алексиј на местото на епископот Талински и Естонски и му била доделена за управување Рижската епархија.

    На 21 август 1961 година е произведен во архимандрит. На 3 септември 1961 година архимандритот Алексиј е хиротонисан за епископ Талински и Естонски.

    На 14 ноември 1961 година назначен е за заменик на претседателот на одделот за надворешни црковни врски на Московската Патријаршија.

    На 23 јуни 1964 година е произведен во чин архиепископ. На 22 декември 1964 година назначен е за управител на Московската патријаршија (на ова место бил до 20 јули 1986 година), и станал постојан член на Светиот Синод.

    Од  17 октомври 1963 година до 1979 година – е член на комисијата на Светиот Синод за христијанско единство и меѓуцрковни односи.

    На 25 февруари 1968 година е произведен во чин митрополит.

    Од 10 март 1970 година до 1 септември 1986 година Алексиј раководел со пензискиот комитет, задачите околу пензиското осигурување на духовништвото, вдовиците и сирачињата на свештенослужителите и лицата кои работеле во црковни организации.

    Од 23 декември 1980 година е заменик на претседателот на комисијата за подготовка и празнување на 1000 години од покрстувањето на Русија и претседател на организационата група на таа комисија, а во септември 1986 година е претседател на нејзината богословска група.

    На 29 јуни 1986 година назначен е за митрополит на Ленинград и Новгород со задолжение да управува и со Талинската епархија.

    На 7 јуни 1990 година е избран од Помесниот собор на Руската Православна Црква на престолот на Московската Патријаршија.

    Во негово време беше воспоставено единство помеѓу Московската Патријаршија и Руската задгранична православна црква.

    Се упокои утрото на 5 декември 2008 година, а ќе биде погребан на 9 декември во Богојавленскиот катедрален храм во Москва.

    За местобљустител на патријаршискиот престол е избран Смоленскиот Митрополит Кирил.