Првиот македонски црковно-народен собор се одржал во Скопје на 4 и 5 март 1945 година. На овој Собор зеле учество повеќе од 300 делегати - свештеници и мирјани. Откако бил прочитан реферат за улогата на Охридската архиепископија во историјата на македонскиот народ и биле ислушани дискусиите на бројни дискутанти, Соборот донел едногласна резолуција за идната црковна положба во слободниот дел на Македонија.
Прво, да се обнови Охридската архиепископија како Македонска Православна Црква, која нема да биде потчинета на која и да било помесна национална православна црква.
Второ, таа да има македонски епископи и македонско свештенство, за да се запази посебноста на македонскиот народ и тој да биде поблизок до својата родна црква:
Трето, првиот македонски архијереј да ја носи титулата „Охридски архиепископ“, а Православната македонска црква да се нарекува „Свети Климентова Охридска архиепископија“.
Понатаму во соборската резолуција се говори за тоа, дека Охридскиот архиепископ треба да биде хиротонисан во Охрид и устоличен на тронот на Охридските архиепископи, како и тоа дека за обновувањето на Охридската архиепископија треба да бидат известени сите автокефални православни цркви во светот.
Црковно-народниот собор одлучил да биде избран нов Иницијативен одбор за организирање на Македонската православна црква, давајќи му привремена управна и законодавна власт.
Српската православна црква во месец септември истата година, на заседанието на својот Архијерејски синод, се изјаснила дека не може да ја признае самостојноста и независноста на Македонската православна црква, тврдејќи дека таа с# уште има јурисдикција на Епархиите во Македонија. Таа го повикала православниот македонски народ да се врати на состојбата меѓу двете светски војни.