Српските настојувања за формирање на самостојна православна црква

Во XII век се влошиле политичките прилики на Балканот. Во 1204 година крстоносците го освоиле Цариград и го основале Латинското царство. Византискиот цар Теодор Ласкар и цариградскиот патријарх се засолниле во Мала Азија, така што Византиското царство било сведено на само една мала област од јужната страна на Мраморното море со престолнина во Никеја.
Во Епир, Тесалија и Македонија било основано Епирското деспоство, во чиј состав влегувало и седиштето на Охридската архиепископија.
Согледувајќи го непријателството меѓу никејскиот цар Ласкар и епирскиот деспот околу наследството на византискиот престол, монахот Сава, со политичка итрина, го заобиколил Охридскиот архиепископ Хоматијан, и побарал автокефалност на Српската православна црква од патријархот во Никеја. Со тоа направил канонски прекршок, зашто епархиите во тогашна Србија се наоѓале под јурисдикција на Македонската православна црква - Охридската архиепископија. Користејќи ги политичките прилики Сава, во 1219 година, од страна на Никејскиот патријарх, успеал да добие автокефалност за Српската православна црква. И покрај протестите на Охридскиот архиепископ Сава почнал да ја организира автокефалноста на својата црква. За деветте расколнички српски епархии биле хиротонисани деветмина епископи Срби, главно доведени од Света Гора.
Подоцна кога српската држава почнала да се шири на југ, на Македонската православна црква ì биле одземени некои епархии и биле потчинети под јурисдикција на Српската православна црква. Кога царот Душан завладеал со целата територија на Македонија во неговата држава се нашле две автокефални архиепископии Охридската и Пеќката. Набргу Душан решил да се прогласи за цар. Според средновековните закони, царската круна можел да ја добие само од патријарх. Затоа било потребно Пеќката архиепископија да биде прогласена за патријаршија. Во 1346 година на Соборот одржан во Скопје архиепископот Јоаникиј II бил прогласен за патријарх на Српската православна црква, а подоцна од неговите раце Душан ја примил круната. На крунисувањето биле присутни и Охридскиот и Трновскиот архиепископ.
Охридската архиепископија за време на цар Душан наполно се осамостоила. Ова веројатно се случило како еден вид награда за подршката која Македонската црква му ја дала на царот Душан при неговото крунисување. Архиепископот веќе не бил назначуван од царот туку бил избиран од епископите, што тој ги поставувал без да се меша државната власт. Архиепископијата продолжила да биде духовен и културен центар за Македонците, кои всушност го сочинувале целото нејзино стадо. Стефан Душан се однесувал коректно и со почит кон Македонската православна црква - Охридската архиепископија. Сите промени во српската држава и црква станувале со учество и благослов на Македонскиот архиепископ. Во тоа време Македонската православна црква била во добра материјална положба. Душан, а потоа и неговите наследници, како политичка власт во Македонија ја помагале Архиепископијата, и во тоа време биле изградени и обновени бројни цркви и манастири на нејзината територија.